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Frequently (?) Asked Questions and Requests

申請

Q. SPring-8でタンパク質の結晶構造解析実験を行いたいのですが、どのようにすれば利用できますか?

A. 実験課題を申請して下さい。一般課題は年2回、留保課題と測定代行は随時募集を行なっています。詳しくは、課題の申請から終了までの流れをご確認下さい。

Q. SPring-8でタンパク質の結晶構造解析実験を行いたいのですが、どのビームラインで実験ができますか?

A. タンパク質X線結晶構造解析用の共用ビームラインの構造生物学Ⅲ:BL38B1(偏向電磁石)と構造生物学Ⅰ:BL41XU(アンジュレータ)、さらに理研ビームラインBL32XU, BL26B1, BL26B2については、上述の申請により実験が可能です。このほか、BL44XU, BL12B2でも可能です。

Q:測定を考えている結晶サイズが10μm程度ですが、BL38B1、BL41XUどちらのビームラインを使用すると良いですか?

A:10μm程度の結晶サイズではBL41XUでの測定をお勧めします。ビームラインの選択で困ったときは、ビームラインの特徴を書いたページがありますので、そちらでご確認頂きご検討下さい。また以下のメールアドレスにもお気軽にお問い合わせください。

Q:測定を依頼することは可能ですか?また、その場合費用はどの程度になりますか?

A:測定代行サービスを行なっています。JASRIのスタッフが、ユーザーの方に代わってビームライン(BL38B1)で測定を行います。ユーザーはサンプルを準備しSPring-8に送付するだけです(来所して測定の立会いも可能です) 。費用は、2時間単位で計算され、ビーム使用料(180,000円/2時間)と、消耗品実費負担相当額の定額分(2,575円/2時間)、従量分(測定代行中に使用した消耗品等の金額)になります。 詳しくは、こちらのタンパク質結晶測定代行の実施についてをご覧下さい。

Q:成果専有で利用予定ですが、データのセキュリティーは?

A:ユーザーアカウントごとにパスワード管理をしており、他の人は、アクセスできないようになっています。

Q:遺伝子組換え実験の申請は事前に必要ですか?

A:持ち込まれる試料に依存します。生きた組換え生物やウイルスを持ち込む場合(恐れがある場合も)は、採択後でも構いませんが 実験開始前までに余裕を持って申請をお願いします。 バキュロウイルスを用いた昆虫細胞発現系で得られたタンパク質は、精製済みであってもウイルスを除去し切れた保証が一般的には取れないため、 申請をお願いしています。遺伝子組換え実験承認申請書(様式20-1)の該当箇所の記入例はこちら(培養昆虫細胞カイコ)です。 ウイルスを使わない発現系(通常の大腸菌発現系など)で調製し精製した試料について、本件は該当しません。

BL実験の準備

Q. 実験に必要な道具を教えてください。

A. 実験に必要な道具の一覧をご確認下さい。

Q. 実験に必要な道具トングやデュワーなどはビームラインで借りられますか?

A. ビームラインには一通り実験ができるように道具をそろえています。使い慣れた道具が良い方は各自で持参して下さい。

Q. SPring-8で簡単な試料の調製をしたいのですが。また、マイクロ遠心管を少し分けてほしいのですが。

A. 生物試料準備室と化学試料準備室があります。ルールを守ってご利用ください。

Q. 実験ハッチ外にも、ハッチ内と同様の高性能顕微鏡をおいてほしい。

A. BL38B1の試料準備室に同等の顕微鏡を置きましたのでご利用ください。また、タンパク質結晶用に共用のキーエンス製高性能顕微鏡を設置しました。利用を希望される方はビームライン担当者までご連絡ください。

Q:試料をプレートで持ち込みたいのですが、保管場所(インキュベータ)はありますか?

A:各ビームラインにインキュベータを設置しています。保管の際は、各ビームラインのルールに従って利用して下さい。

Q:凍結試料をドライシッパー等でSPring-8に送付することは可能ですか?

A:予めJASRI利用推進部宛に送付も可能です。ただし、休日の到着は対応できません。利用推進部で保管していますので、来所の際に受け取って下さい。
例:月曜10:00からビームタイムの場合は、金曜日に到着するように送付して下さい。到着後、実験までに数日ある場合、液体窒素の補充を行なうことが可能ですが、その際は予めビームライン担当者までご連絡下さい。

Q:マグネットピンを使用予定ですが、制限等ありますか?

A:ピンの長さは18mmに揃えて下さい。マグネットピンでロボットを使用する場合は、プラスチックタイプは使用できません。

Q:クライオシッパーに液体窒素を補充したいのですが可能ですか?

A:共用の液体窒素容器がD1扉付近にありますので、そちらを利用して下さい。利用するには、事前に安全講習が必要です。受講の申し込みは、利用推進部へ受付時間内(9:00~17:00)にお願いします。講習時間は約5分です。

Q:ノートパソコンを持ち込みたいのですが、インターネットは利用できますか?

A:ノートパソコンを持ち込む場合は、接続前に必ずウィルススキャンを行なって下さい。
無線LANの接続方法は、SPring-8サイト内無線LAN接続方法で内容をご確認の上、ご利用下さい。 BL38B1およびBL41XUでは有線LANの利用が可能です(DHCPサーバがIPアドレスを自動で振り分けます)。

BL実験

Q. BSSとは何ですか?

A. BSSとは、ユーザインターフェイスで試料のセンタリングを行なったり、測定スケジュール管理するソフトです。⇒Go!

Q. SPACEとは何ですか?

A. SPACEは、SPring-8で開発された自動サンプルチェンジャーです。⇒Go!
一度に大量のサンプルのスクリーニングが行なえ、結晶交換ごとの実験ハッチの入退出が不要になり、測定時間が大幅に軽減されています。また、SPACE PINとD-Chaを利用することで自動測定が行なえます。

Q:D-Chaとは何ですか?

A:データベースとWebインターフェースを組み合わせた遠隔地からのデータ収集を容易にするシステムです。⇒Go!

Q:結晶の放射線損傷が心配です。どのように測定すると良いですか?

A:例えば、針状結晶などでダメージを考慮し、5フレーム毎(試料に応じて変更して下さい。)に照射位置を変更しながら測定ができます (Advanced centering mode)。 一回の連続測定に対して、2箇所以上の照射位置を指定したい場合に有効な方法です。

Q:ループに2つの結晶がありました。それぞれの結晶の測定は可能ですか?

A:結晶サイズなどによりますが、順番にビームを照射することもできます(Advanced centering mode)

Q:結晶の良質箇所を選択して測定できますか?

A:ビームサイズを絞り、部分的に照射することで良質箇所を選択できます。詳しくはDiffraction Scanを確認。

Q:結晶評価時の回折画像が望ましくなかったのですが、アニーリングするとスポット形状が良くなるって本当ですか?

A:アニーリングを行なうとスポット形状が良くなる場合があります。しかし、場合によってはさらに悪化する可能性があります。

Q:回転写真法で、回転軸の異なる方向での測定をできるようにしてほしい。

A:今後の検討事項といたします。必要とされる理由をお伝えいただければ、優先順位が高くなる場合もございます。

Q:ハッチ内の気流のせいか、ループの元に霜がたまって邪魔になる。結晶の再設定の際にも霜が邪魔しているようなので、乱流を避けるなどの対策をしてほしい。

A:カーテンの設置、クライオノズルの向き・位置等の検討を重ねております。 また対策の一つとして、カッパーピン仕様のサンプルピンをご使用になると、霜の付着が比較的防げるようです。

Q:薄い板状結晶が多いので、露光時間をgradualに変更できるモードを実装してほしい。(BL41XU)

A:BSSに実装いたしました。ご利用ください。

Q:Diffraction Scanをやっているときに、Jobをeditしてapplyできない。(BL41XU)

A:実装可能ですが、運用上安全かどうかを確認いたします。

Q:ピコアンの読みとコリメーターのサイズからX線のフォトン密度を簡単に推定できるようにしてアッテネータ・分解能計算ツールに組み込んでほしい。

A:コリメーターごとの各波長におけるフォトンフラックスとピコアンメータの参考値を掲示しております。どうぞご利用ください。

Q:job実行中にjobをコピーして編集中していたところ、実行中のjobが終了し、編集中のjobが実行され、結果そのまま測定データファイルが上書きされてしまった。改善してほしい。

A:job追加後、追加されたjobのステータスはundefinedになるようにいたしました。適用ボタンを押すとwaitingに変わります。

Q:マウントした結晶を観察する同軸カメラで、倍率の変更がうまくいかないことがある。

A:対処法を掲載しました。

Q:SPACEを一度試しに使用したいのですが、どのような準備が必要になりますか?

A:準備に関しては、測定マニュアルをご覧下さい。測定マニュアルに事前に行なう準備の説明がありますので、一度ご覧下さい。

Q:SPACEで金属製キャップのマグネットピン(HAMPTON PIN)が利用可能になったと聞いたのですが、どのような準備が必要になりますか?

A:従来のように、クライオケーンに取り付けて試料を持ち込んでください。クライオケーンに取り付けて持ち込んだ結晶を、ビームラインでトレイに詰め直せばSPACEを利用できます。 詳しくは、HAMPTON PIN 測定マニュアルをご覧下さい。

Q:SPACEを利用するための道具はレンタル可能ですか?

A:SPACE PINで利用される場合は、道具のレンタルが可能です。レンタル希望の方は、BL担当者にご連絡下さい。 金属製キャップのマグネットピン(HAMPTON PIN)で利用される場合は、トングやツール類はビームライン内のみご利用頂けます。

Q:SPACEでサンプルをdismountしようとして、失敗することがしばしばあった。

A:改良が進み、トラブルの頻度は大幅に減りました。現状ではスタッフを呼んでいただくようなトラブルは月に1度あるかないか程度です。

Q:SPACEでUnipuck使用時に結晶に霜が付着することが多くあるので、ハッチ外からリモートで液体窒素をかけることができるようにならないか?

A:過去に一度検討いたしましたが、技術的な問題で現在のところ実装する予定はありません。今後の課題といたします。

Q:実験廃棄物をビームラインで廃棄可能ですか?

A:ビームライン実験で出た実験廃棄物は必ずユーザーが持ち帰り、処分してください。

解析

Q: 解析ソフトはどのような種類がありますか?

A: 解析ソフトは、HKL2000、Mosflm、XDSなどがあります。測定しながらビームラインで解析が可能です。

Q: 解析ソフトのパラメータはどこにありますか?

A: 解析パラメータのページで各ビームラインのパラメータを確認して下さい。

Q:ユーザータイム終了後に、データ処理を引き続き行ないたいのですが可能ですか?

A:ユーザータイム終了後は、解析部屋で処理が行なえます。解析部屋は、D1扉を出て左側に進んだところにあるD10号室と、D2扉を出て左側に進んだところにあるD21号室です。

その他

Q: 食堂の営業時間は?

A: 朝食(8:00~9:30)、昼食(11:30~14:00)、夕食(17:30~19:30)です。同じ食堂等の中に”キラリ(売店)”があります。キラリ営業時間 平日(11:00~15:00と17:00~20:00)です。

Q:研究交流施設のチェックイン、チェックアウトの時間は?

A:チェックインは16:00~22:00です。チェックアウトは原則として10:30までです。(チェックイン、チェックアウトが遅れる場合は必ずフロントまでご連絡下さい。)

Q:FAQにない情報を質問したいのですが、どこに問い合わせをしたらよいですか?

A:


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