SPring-8の高輝度な放射光を活用した
構造生物学研究環境の開発と整備を行っています

解析パラメーター

iMosflmで処理する場合

GUIプログラムが起動後、ファイルメニューの「View」ー「Experiment settings」の 「Experiment」のタブで「Reverse direction of spindle rotation」にチェックを 入れて下さい。チェックを入れないと、Indexingまでは成功してもCell Refinementで 失敗します。

XDSで処理する場合

generate_XDS.INPを使ってXDS.INPファイルを生成させることを推奨します。以下のように画像ファイルを読み込ませてください。
$ generate_XDS.INP “/data-dir/collect_??????.img”
そのまま使用可能なXDS.INPが得られます。

申請

SPring-8でタンパク質の結晶構造解析実験を行いたいのですが、どのようにすれば利用できますか?

実験課題を申請して下さい。成果専有時期指定課題は随時募集を行なっています。
詳しくは、SPring-8利用申請のページをご確認下さい。

SPring-8でタンパク質の結晶回折実験を行いたいのですが、どのビームラインで実験ができますか?

タンパク質X線結晶構造解析用の共用ビームラインの構造生物学Ⅰ:BL41XU(アンジュレータ)と構造生物学Ⅲ:BL45XU(アンジュレータ)、さらに理研ビームラインBL32XU, BL26B1, BL26B2については、上述の申請により実験が可能です。このほか、BL44XU, BL12B2でも可能です。

測定を考えている結晶サイズが10μm程度ですが、BL26B1、BL41XU、BL45XUどちらのビームラインを使用すると良いですか?

BL41XU、BL45XUが10μm程度の結晶サイズに対応しています。ビームラインの選択で困ったときは、ビームラインの特徴を書いたページがありますので、そちらでご確認頂きご検討下さい。また以下のメールアドレスにもお気軽にお問い合わせください。

測定を依頼することは可能ですか?また、その場合費用はどの程度になりますか?

自動測定を行なっています。SPring-8のスタッフが、ユーザーの方に代わってビームライン(BL45XU、BL32XU)で測定を行います。ユーザーはサンプルを準備しSPring-8に送付するだけです。費用は、2時間単位(BL45XU)もしくは12時間単位(BL32XU)で計算されます。
成果専有時期指定課題の場合はビーム使用料(180,000円/2時間)と、消耗品実費負担相当額の定額分(2,575円/2時間)、従量分(測定代行中に使用した消耗品等の金額)になります。
成果専有一般課題の場合はビーム使用料(120,000円/2時間)と、消耗品実費負担相当額の定額分(2,575円/2時間)、従量分(測定代行中に使用した消耗品等の金額)になります。
また成果公開優先利用課題においては、従量分(測定代行中に使用した消耗品等の金額)のみになります。
詳しくは、こちらのPX-BL自動測定資料をご覧下さい。

成果専有で利用予定ですが、データのセキュリティーは?

ユーザーアカウントごとにパスワード管理をしており、他の人は、アクセスできないようになっています。

遺伝子組換え実験の申請は事前に必要ですか?

持ち込まれる試料に依存します。生きた組換え生物やウイルスを持ち込む場合(恐れがある場合も)は、採択後でも構いませんが実験開始前までに余裕を持って申請をお願いします。 バキュロウイルスを用いた昆虫細胞発現系で得られたタンパク質は、精製済みであってもウイルスを除去し切れた保証が一般的には取れないため、申請をお願いしています。遺伝子組換え実験承認申請書(様式20-1)で申請書をダウンロードしていただき、記入例を参考に記入後、審査結果から14日以内に利用推進部担当まで提出をお願いいたします。遺伝子組換え実験に伴う必要書類については、SPring-8 実験開始までに行う手続きについてのページに移動し、「遺伝子組換え実験」の選択にチェックを入れていただくと、参照していただけます。ウイルスを使わない発現系(通常の大腸菌発現系など)で調製し精製した試料について、本件は該当しません。

BL実験準備

実験に必要な道具を教えてください。

測定用器具準備をご確認下さい。
その他に、測定/解析データバックアップ用のHDD or SSDが必要になります。

実験に必要な道具トングやデュワーなどはビームラインで借りられますか?

ビームラインには一通り実験ができるように道具をそろえています。使い慣れた道具が良い方は各自で持参して下さい。

SPring-8で簡単な試料の調製をしたいのですが。また、マイクロ遠心管を少し分けてほしいのですが。

生物試料準備室と化学試料準備室があります。ルールを守ってご利用ください。

実験ハッチ外にも、ハッチ内と同様の高性能顕微鏡をおいてほしい。

タンパク質結晶用に共用のオリンパス製とキーエンス製高性能顕微鏡を設置しています。利用を希望される方はビームライン担当者までご連絡ください。
複数のグループの利用希望があった場合は、ユーザー各位で調整して使っていただくようお願いします。
どうしても専有を希望されるユーザーの方は、顕微鏡を持ち込むことをご検討ください。

試料をプレートで持ち込みたいのですが、保管場所(インキュベータ)はありますか?

各ビームラインにインキュベータを設置しています。保管の際は、各ビームラインのルールに従って利用して下さい。

凍結試料をドライシッパー等でSPring-8に送付することは可能ですか?

予めJASRI利用推進部宛に送付も可能です。ただし、休日の到着は対応できません。利用推進部で保管していますので、来所の際に受け取って下さい。
例:月曜10:00からビームタイムの場合は、金曜日に到着するように送付して下さい。到着後、実験までに数日ある場合、液体窒素の補充を行なうことが可能ですが、その際は予めビームライン担当者までご連絡下さい。

マグネットピンを使用予定ですが、制限等ありますか?

ピンの長さは18mmに揃えて下さい。マグネットピンでロボットを使用する場合は、プラスチックタイプは使用できません。

クライオシッパーに液体窒素を補充したいのですが可能ですか?

共用の液体窒素容器がD3扉付近にありますので、そちらを利用して下さい。利用するには、事前に安全講習が必要です。受講の申し込みは、利用推進部へ受付時間内(9:00~17:00)にお願いします。講習時間は約5分です。

ノートパソコンを持ち込みたいのですが、インターネットは利用できますか?

ノートパソコンを持ち込む場合は、接続前に必ずウィルススキャンを行なって下さい。
無線LANの接続方法は、サイト内無線LANの利用のページで内容をご確認の上、ご利用下さい。 BL41XUでは有線LANの利用が可能です(DHCPサーバがIPアドレスを自動で振り分けます)。

BL実験

BSSとは何ですか?

BSSとは、ユーザインターフェイスで試料のセンタリングを行なったり、測定スケジュール管理するソフトです。

SPACEとは何ですか?

SPACEは、SPring-8で開発された自動サンプルチェンジャーです。
一度に大量のサンプルのスクリーニングが行なえ、結晶交換ごとの実験ハッチの入退出が不要になり、測定時間が大幅に軽減されています。

結晶の良質箇所を選択して測定できますか?

ビームサイズを絞り、部分的に照射することで良質箇所を選択できます。詳しくはDiffraction Scanを確認。

結晶評価時の回折画像が望ましくなかったのですが、アニーリングするとスポット形状が良くなるって本当ですか?

アニーリングを行なうとスポット形状が良くなる場合があります。しかし、場合によってはさらに悪化する可能性があります。

回転写真法で、回転軸の異なる方向での測定をできるようにしてほしい。

今後の検討事項といたします。必要とされる理由をお伝えいただければ、優先順位が高くなる場合もございます。

薄い板状結晶が多いので、露光時間をgradualに変更できるモードを実装してほしい。(BL41XU)

BSSに実装いたしました。ご利用ください。

Diffraction Scanをやっているときに、Jobをeditしてapplyできない。(BL41XU)

実装可能ですが、運用上安全かどうかを確認いたします。

ピコアンの読みとコリメーターのサイズからX線のフォトン密度を簡単に推定できるようにしてアッテネータ・分解能計算ツールに組み込んでほしい。

コリメーターごとの各波長におけるフォトンフラックスとピコアンメータの参考値を掲示しております。どうぞご利用ください。

job実行中にjobをコピーして編集中していたところ、実行中のjobが終了し、編集中のjobが実行され、結果そのまま測定データファイルが上書きされてしまった。改善してほしい。

job追加後、追加されたjobのステータスはundefinedになるようにいたしました。適用ボタンを押すとwaitingに変わります。

マウントした結晶を観察する同軸カメラで、倍率の変更がうまくいかないことがある。

対処法を掲載しました。

SPACEを一度試しに使用したいのですが、どのような準備が必要になりますか?

準備に関しては、測定マニュアルをご覧下さい。測定マニュアルに事前に行なう準備の説明がありますので、一度ご覧下さい。

SPACEで金属製キャップのマグネットピン(HAMPTON PIN)を利用する際に、どのような準備が必要になりますか?

従来のように、クライオケーンに取り付けて試料を持ち込んでください。クライオケーンに取り付けて持ち込んだ結晶を、ビームラインでトレイに詰め直せばSPACEを利用できます。詳しくは、測定マニュアルをご覧下さい。

サンプルピンをゴニオにマウントした直後にサンプルピンが伸びると聞いたのですが本当ですか?

サンプルピンはSPACEのデュワー内から取り出されゴニオメーターにマウントされる過程で、クライオストリームの外にある部分は液体窒素温度から常温になります。熱膨張の為20~40um程度伸長するようです。軸部分がカッパータイプのピンで伸長量が大きい傾向にあります。またSPINEタイプのピンはベース部分の体積が小さいため伸長量は小さい傾向にあります。特に自動測定時はループのセンタリング時間が手動でするよりも短時間になるため、伸長の影響が大きくなります。自動測定時にはSPINEタイプのピンを利用されることを推奨します。

SPACEを利用するための道具はレンタル可能ですか?

金属製キャップのマグネットピン(HAMPTON PIN)で利用される場合は、トングやツール類はビームライン内のみご利用頂けます。

SPACEでサンプルをdismountしようとして、失敗することがしばしばあった。

改良が進み、トラブルの頻度は大幅に減りました。現状ではスタッフを呼んでいただくようなトラブルは月に1度あるかないか程度です。

SPACEでUnipuck使用時に結晶に霜が付着することが多くあるので、ハッチ外からリモートで液体窒素をかけることができるようにならないか?

BL45XU、BL41XU、BL26B2に液体窒素滴下装置が設置されています。ハッチ外より液体窒素を滴下することができます。どうぞご利用ください。

実験廃棄物をビームラインで廃棄可能ですか?

ビームライン実験で出た実験廃棄物は必ずユーザーが持ち帰り、処分してください。

解析

解析ソフトはどのような種類がありますか?

解析ソフトは、Mosflm、XDSなどがあります。自動データ処理プログラムKAMOもご利用いただけます。

解析ソフトのパラメータはどこにありますか?

解析パラメータのページで各ビームラインのパラメータを確認して下さい。
必要なパラメーターがない場合、解析がうまくいかない場合は、担当者にご連絡ください。

ユーザータイム終了後に、データ処理を引き続き行ないたいのですが可能ですか?

ユーザータイム終了後は、解析部屋で処理が行なえます。解析部屋は、D1扉を出て左側に進んだところにあるD10号室です。

その他

食堂の営業時間は?

食堂のページをご確認ください。同じ食堂棟の中に売店(FamilyMart)があります。

研究交流施設のチェックイン、チェックアウトの時間は?

研究交流施設(User Information)をご確認ください。チェックイン、チェックアウトが遅れる場合は必ずフロントまでご連絡下さい。

FAQにない情報を質問したいのですが、どこに問い合わせをしたらよいですか?

お問い合わせは : bioxtal ※アカウントの後ろに@spring8.or.jp